2001
项目正式提出，旨在通过考古、环境科学、遗传学等多学科合作，探索中华文明的起源
中华文明探源工程时间线
追根溯源 复古求真
2001-2003
预研究阶段，2002年中华文明探源工程预研究项目列入中国“十五计划” 主要的成果是摸索出了一条多学科结合研究文明起源的技术路线和实施方法，提出了一个较为可行的探源工程实施方案
2004-2005
第一阶段工程进行，研究时间范围为五帝至商代初年，即公元前2500年至公元前1500年 多学科结合，多角度、多层次、全方位地研究中原地区文明的形成与早期发展的过程，初步探索其背景、原因、道路与特点
2006-2008
第二阶段工程进行，由中国社会科学院考古研究所所长王巍和北京大学考古文博学院院长赵辉为牵头人 在第一阶段的基础上，把研究的时间范围扩展到公元前3500年—公元前1500年，空间范围从黄河中游扩展至黄河上、中、下游，长江中、下游和辽河流域等地，主要研究该时间段中各个地区都邑和区域中心性遗址及其所属考古学文化的年代、环境变化、经济技术发展状况和社会结构变化
2009-2012
第三阶段工程进行 工程重点围绕中华文明起源与早期发展综合研究、中华文明探源工程中现代科学技术应用与支撑研究、文物保护与展示关键技术研究开展工作
2013-2018
第四阶段工程进行 主要是对第三阶段设置的年代、环境、生业、都邑和聚落反映的社会结构以及整合研究等几大课题继续开展研究，在此基础上形成第四阶段结项报告
2018年5月28日
国务院新闻办公室举行“中华文明起源于早期发展综合研究”成果发布会
2020-2024
第五阶段工程进行 在深化对中华文明起源与早期发展阶段整体认识的同时，聚焦关键时间节点和重大事件，精心设计多学科综合研究，取得了一系列进展